A Congregação é a comissão deliberativa mais importante da Unidade, que tem como funções a aprovação e homologação de decisões e rotinas internas.

Ela é composta pela direção, membros das demais comissões internas, chefes de departamento, representantes de docentes, discentes e técnicos administrativos e de laboratório, que garantem a representatividade em todas as decisões da Unidade.